Tiền thân của Phòng Công nghệ sinh học Enzyme là Phòng Enzyme học, được thành lập năm 1993. Đến 4/2007, Phòng CNSH Enzyme học được thành lập từ Phòng Enzyme học và Phòng Công nghệ sinh học Enzyme theo Quyết định số 129/QĐ-CNSH, 20/04/2007.
Kể từ khi thành lập tới nay, Phòng CNSH Enzyme luôn luôn có khoảng 6-10 cán bộ biên chế và hợp đồng làm việc. Hiện nay Phòng có: 08 Cán bộ: 06 biên chế, 02 hợp đồng, 08 cán bộ nghiên cứu, 1 phó giáo sư tiến sỹ, 3 tiến sỹ, 1 nghiên cứu sinh, 2 thạc sỹ, 1 cử nhân.
Lãnh đạo phòng qua các thời kỳ
| 1993 - 2002 | Trưởng phòng | PGS. TS. Nguyễn Thị Ngọc Dao |
| 1994 - 2002 | Phó Trưởng phòng | DS. Đỗ Thị Hồng Cẩm |
| 2002 - 2004 | Phó Trưởng phòng | PGS. TS. Đặng Diễm Hồng |
| 2004 - 2006 | Phó Trưởng phòng | PGS. TS. Quyền Đình Thi |
| 2006 - 2014 | Trưởng phòng | PGS.TS. Quyền Đình Thi |
| 8/2011 - 2014 | Phó Trưởng phòng | TS. Đỗ Thị Tuyên |
| 2015 - 7/2017 | Phó Trưởng phòng | TS. Đỗ Thị Tuyên |
| Phụ trách phòng | ||
| 8/2017 - nay | Trưởng phòng | PGS. TS. Đỗ Thị Tuyên |
| 10/2019 - nay | Phó Trưởng phòng | TS. Nguyễn Sỹ Lê Thanh |