Phòng Các chất có hoạt tính sinh học từ vi sinh vật được thành lập theo quyết định số 476/CNSH ngày 28/7/2023 của Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học. Tiền thân của Phòng Các chất có hoạt tính sinh học từ vi sinh vật hiện nay là nhóm nghiên cứu của Phòng Vi sinh vật học trong Viện Nghiên cứu Khoa học Tự nhiên, thuộc Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước. Từ năm 1976 nhóm nghiên cứu thuộc Phòng Vi sinh vật học của Viện Sinh vật học, Viện Khoa học Việt Nam. Giai đoạn từ 01/7/1990 – 5/1993, nhóm nghiên cứu chuyển thành Phòng Kích thích tố thực vật và Phòng Sinh lý sinh hóa vi sinh vật, thuộc Trung tâm Nghiên cứu vi sinh vật, Viện Khoa học Việt Nam. Cùng với sự thành lập của Viện Công nghệ sinh học, Phòng Các chất có hoạt tính sinh học từ vi sinh vật ra đời theo quyết định số 16/CNSH-QĐ ngày 8/7/1993. Đến tháng 2/2009, Phòng được đổi tên thành Phòng Công nghệ vật liệu sinh học theo quyết định số 49/QĐ-CNSH. Nhằm phát huy thế mạnh về kiến thức vi sinh vật học cơ bản và ứng dụng của các cán bộ nghiên cứu trong phòng, đồng thời khuyến khích sự sáng tạo, đột phá trong các công nghệ vi sinh vật hiện đại của các thành viên, Viện trưởng Viện Công nghệ sinh học đã ký quyết định số 476/CNSH ngày 28/7/2023 đổi lại tên Phòng Công nghệ vật liệu sinh học thành Phòng Các chất hoạt tính sinh học từ vi sinh vật để đáp ứng với yêu cầu và nhiệm vụ trong tình hình mới. Hiện nay Phòng có 7 cán bộ nghiên cứu (6 biên chế và 1 cán bộ hợp đồng dài hạn), trong đó: 5 Tiến sĩ và 2 Thạc sĩ.
Lãnh đạo phòng qua các thời kỳ
| 1993 – 2000 | Trưởng phòng | PGS. TS. Lý Kim Bảng |
| 2000 – 2005 | Trưởng phòng | PGS. TS. Tống Kim Thuần |
| 2005 – 2012 | Phó Viện trưởng kiêm Trưởng phòng | PGS. TS. Trần Đình Mấn |
| 2012 – nay | Trưởng phòng | TS. Nguyễn Kim Thoa |