Viện Công nghệ sinh học có chức năng:

• Nghiên cứu cơ bản và phát triển công nghệ theo hướng công nghệ sinh học.
• Tham gia xây dựng chính sách, chiến lược, quy hoạch và kế hoạch phát triển ngành công nghệ sinh học.
• Đào tạo nhân lực khoa học và công nghệ có trình độ cao về công nghệ sinh học cho đất nước.

Viện Công nghệ sinh học có các nhiệm vụ chủ yếu sau

• Nghiên cứu những vấn đề khoa học và công nghệ thuộc các lĩnh vực: công nghệ gen, công nghệ tế bào động vật, công nghệ tế bào thực vật, công nghệ vi sinh, công nghệ protein và enzyme, công nghệ sinh học nano, công nghệ sinh học môi trường, công nghệ sinh học biển, công nghệ vật liệu sinh học, công nghệ sinh – y học và tin sinh học, và các lĩnh vực khác có liên quan.
• Triển khai, ứng dụng và chuyển giao các kết quả nghiên cứu khoa học và công nghệ mới; tổ chức sản xuất, kinh doanh, tư vấn, dịch vụ về công nghệ sinh học và các lĩnh vực liên quan vào thực tiễn sản xuất và đời sống, góp phần xây dựng, phát triển ngành công nghiệp sinh học.
• Đào tạo nhân lực khoa học, công nghệ có trình độ cao; tổ chức đào tạo sau đại học về sinh học và công nghệ sinh học. Thông tin, tư vấn, bồi dưỡng và nâng cao trình độ cán bộ trong lĩnh vực sinh học và công nghệ sinh học.
• Hợp tác quốc tế về sinh học và công nghệ sinh học và các lĩnh vực liên quan. Tham gia các hội nghị, hội thảo, chương trình hợp tác quốc tế và tổ chức các hội nghị, hội thảo quốc tế theo quy định của pháp luật. Cử cán bộ đi công tác nước ngoài và mời chuyên gia nước ngoài đến làm việc tại Viện Công nghệ sinh học. 
• Xây dựng cơ sở hạ tầng, cơ sở vật chất cho nghiên cứu khoa học - công nghệ, triển khai, ứng dụng, sản xuất và chuyển giao công nghệ.
• Quản lý tài chính, tài sản; sử dụng có hiệu quả tài chính, tài sản do Nhà nước giao và các nguồn tài chính, tài sản khác; thực hiện công tác kế toán, thống kê, quản lý cán bộ viên chức theo quy định của pháp luật.