Lịch sử thành lập Viện Công nghệ sinh học có thể chia ra làm 3 giai đoạn như sau:

PHÒNG SINH VẬT, VIỆN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC TỰ NHIÊN, ỦY BAN KHOA HỌC VÀ KỸ THUẬT NHÀ NƯỚC (1967-1975)

Phòng Sinh vật trực thuộc Viện Nghiên cứu Khoa học Tự nhiên, Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước, được thành lập năm 1967, do GS.TSKH. ĐẶNG THU làm Trưởng phòng.

Năm 1975, khi Viện Khoa học Việt Nam chính thức được thành lập, Phòng Sinh vật đã phát triển thành 5 phòng trực thuộc Viện Khoa học Việt Nam, bao gồm các hướng sinh học đại cương và sinh học thực nghiệm (Phòng Động vật học, Phòng Thực vật học, Phòng Sinh lý - Hóa sinh người và động vật, Phòng Sinh lý-Hóa sinh thực vật, Phòng Vi sinh vật).

VIỆN SINH VẬT HỌC VÀ CÁC TRUNG TÂM HÌNH THÀNH TỪ VIỆN SINH VẬT HỌC, VIỆN KHOA HỌC VIỆT NAM (1975-1993)

Tháng 5 năm 1975, Viện Sinh vật học thuộc Viện Khoa học Việt Nam được thành lập trên cơ sở hợp nhất các phòng nghiên cứu về sinh vật học nói trên. GS.TSKH. NGUYỄN HỮU THƯỚC và GS.TSKH. ĐẶNG HUY HUỲNH được cử làm Lãnh đạo với cương vị Viện phó. Năm 1983, GS.TSKH. LÊ XUÂN TÚ được bổ nhiệm làm Viện trưởng.

Năm 1983, các phòng nghiên cứu theo hướng sinh học đại cương đã phát triển và hình thành, Trung tâm Sinh thái và Tài nguyên sinh vật thuộc Viện Khoa học Việt Nam do GS.TSKH. ĐẶNG NGỌC THANH làm Giám đốc và GS.TSKH. ĐẶNG HUY HUỲNH làm Phó Giám đốc.

Năm 1982, Trung tâm Sinh lý- Hoá sinh người và động vật thuộc Viện Khoa học Việt Nam thành lập, do GS.TSKH. NGUYỄN TÀI LƯƠNG làm Giám đốc.

Năm 1989, thành lập Trung tâm Nghiên cứu vi sinh vật, Viện Khoa học Việt Nam, do PGS.TS. LÝ KIM BẢNG là Giám đốc.

Năm 1990, thành lập Trung tâm Hoá sinh ứng dụng, Viện Khoa học Việt Nam do, GS.TSKH. ĐÁI DUY BAN là Giám đốc.

VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Thực hiện Nghị định 24/CP của Chính phủ về việc thành lập Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia, ngày 19/06/1993, Viện Công nghệ sinh học thuộc Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia được thành lập, trên cơ sở hợp nhất Viện Sinh vật học, Trung tâm Sinh lý- Hóa sinh người và động vật, Trung tâm Hóa sinh ứng dụng và Trung tâm Nghiên cứu vi sinh vật.

PGS.TSKH. LÊ THỊ MUỘI là Viện trưởng nhiệm kỳ đầu tiên (1993-1997).

GS.TS. LÊ TRẦN BÌNH là Viện trưởng nhiệm kỳ II (1997-2003) và nhiệm kỳ III (2003-2008).

Từ năm 2004, khi Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia được đổi tên thành Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam (VAST), Viện Công nghệ sinh học là một trong những đơn vị sự nghiệp lớn nhất của VAST.

Hiện nay, PGS.TS. TRƯƠNG NAM HẢI là Viện trưởng nhiệm kỳ IV (2008-2013).